Iki 1990 m. Vilniaus arkivyskupijoje buvo likę 6 vyrų vienuolijos: Jėzaus draugija, marijonai, saleziečiai, pranciškonai (OFM) ir po vieną domininkonų bei pranciškonų konventualų vienuolį. 1993 m. Vilniaus arkivyskupo pakviesti į Vilnių atvyko šv. Jono kongregacijos broliai, kurie įsipareigojo dėstyti ir auklėti seminaristus.
Arkivyskupijoje yra 22 moterų vienuolijos ir 185 seserys vienuolės. Beveik visos vienuolijos įsikūrusios Vilniaus mieste.
